ศิโรตม์ คล้ามไพบูลย์ กล่าวว่า เวลาเราพูดเรื่องรัฐธรรมนูญ 2549 มีปัญหา นักนิติศาสตร์อาจเห็นว่า รัฐธรรมนูญฉบับ คมช. มีปัญหามากในหลายเรื่อง แต่อยากลองตั้งคำถามๆ ว่า รัฐธรรมนูญฉบับนี้เป็นปัญหาโดยตัวมันเอง หรือรัฐธรรมนูญฉบับนี้เป็นปัญหา เพราะเป็นผลของกระบวนการของกลุ่มคนที่เป็นปัญหา หากเห็นว่ามีปัญหาที่ตัวบททางแก้ก็ง่าย ดังเช่นที่คุณอภิสิทธิ์ก็พยายามเล่นเกมนี้ โดยบอกว่าเมื่อรัฐธรรมนูญมีปัญหาก็ให้ทุกฝ่ายมาร่วมปฏิรูปการเมืองกับรัฐบาลเสีย และระหว่างนี้คนที่จะวิจารณ์ก็ขอให้เงียบๆ ไปก่อน แต่อันที่จริงอาจต้องมองว่า รัฐธรรมนูญฉบับนี้เป็นปัญหาเพราะกระบวนการทางการเมืองที่เป็นปัญหามาตั้งแต่ต้น  ดังนั้นแก้ปัญหาการเมืองในปัจจุบันด้วยการแก้รัฐธรรมนูญอาจไม่พอ เพราะรัฐธรรมนูญเป็นผลของการเมืองที่เป็นปัญหา เป็นผลของคนบางกลุ่มซึ่งเป็นปัญหากับการเมืองไทย จึงต้องแก้ด้วยสิ่งที่อยู่เหนือรัฐธรรมนูญฉบับนี้ขึ้นไป

นักรัฐศาสตร์ของญี่ปุ่นชื่อทามาดะ เคยเขียนเรื่องการเมืองไทยไว้ว่า ปัญหาของการเมืองไทยเกิดขึ้นเพราะมีพลังบางฝ่ายในสังคมไทยซึ่งเป็นพลังต้านประชาธิปไตย มีชนชั้นนำทางการเมืองที่ไม่เชื่อถือในระบอบประชาธิปไตยอยู่ เพราะฉะนั้นทางออกของการแก้ปัญหาการเมืองไทย จึงเป็นการต่อสู้ทางการเมืองกับพลังฝ่ายชนชั้นนำทางการเมืองที่เกลียดประชาธิปไตย

ถ้าจะสรุปภาพรวมตั้งแต่ 48 อาจกล่าวได้ว่า การเมืองไทยวางอยู่บนความขัดแย้งระหว่างพลังสองฝ่าย คือ ฝ่ายซึ่งยึดหลักการว่า ประชาธิปไตยคือการปกครองโดยเสียงส่วนใหญ่ อำนาจอธิปไตยเป็นของคนทุกคนในชาติ การปกครองต้องมาจากการเลือกตั้งของคนส่วนใหญ่ กับอีกฝ่ายเชื่อว่า ประชาธิปไตยไม่จำเป็นต้องเป็นเสียงส่วนใหญ่ก็ได้ อำนาจอธิปไตยไม่ต้องมาจากคนส่วนใหญ่ในชาติก็ได้ แต่มีอย่างอื่นสำคัญกว่า เช่น การไม่คอรัปชั่น ซึ่งสิ่งนี้คล้ายกับสิ่งที่เกิดขึ้นในโลกที่สามหลายประเทศ คือมีความพยายามบอกว่า ประชาธิปไตยที่มาจากการเลือกตั้งของประชาชนไม่ใช่ทางออกของประเทศอีกต่อไป จำเป็นต้องใช้กระบวนการพิเศษที่ไม่ได้มาจากการเลือกตั้งเข้ามาช่วย ไม่ว่าเรื่องตุลาการภิวัตน์ก็ดี หรือการรัฐประหารก็ดี โดยอยู่บนฐานว่าคนเหล่านี้เชื่อว่า ตัวเองรู้ว่าอะไรคือสิ่งที่ดีที่สุดสำหรับคนในประเทศนี้

ในระดับโลกแล้ว สิ่งที่เกิดขึ้นในปัจจุบันคือ นักรัฐศาสตร์ นักกฎหมายรัฐธรรมนูญจำนวนหนึ่งมีความคิดว่า ประชาธิปไตยกลายเป็นปัญหาขึ้นมา มีความรู้สึกว่า การปกครองโดยเสียงส่วนใหญ่ทำให้เกิดการละเมิดประชาธิปไตย และจำเป็นจะต้องให้ผู้พิพากษาหรือนักกฎหมายเข้ามาแก้ปัญหาซึ่งประชาธิปไตยไม่สามารถแก้ได้ เช่น ให้นักกฏหมายหรือผู้พิพากษาเข้ามาปฏิรูปเรื่องต่างๆ เช่น เรื่องการเมือง นิติบัญญัติในหลายเรื่อง

คำถามคือ เราจะสามารถไว้วางใจกระบวนการแบบนี้ได้จริงหรือไม่ ความไม่ไว้วางใจที่พวกศาลหรือนักกฎหมายจำนวนหนึ่งมีต่อเสียงส่วนใหญ่เป็นผลจากความไม่เข้าใจเรื่องประชาธิปไตยที่คนเหล่านั้นมีอยู่เอง เป็นไปได้ว่าสิ่งที่เกิดขึ้นในสังคมไทยปัจจุบันนี้คือ คนบางกลุ่มกำลังบิดเบือนหลักการพื้นฐานของประชาธิปไตยซึ่งหมายถึงการปกครองโดยเสียงข้างมากให้กลายเป็นเครื่องมือในการสร้างสถาบันทางการเมือง หรือระบบทางการเมืองบางแบบ ที่ดูเหมือนจะเป็นประชาธิปไตย นั่นก็คือมีรัฐสภา มีรัฐธรรมนูญมีการเลือกตั้ง มีการปกครองโดยพรรคการเมือง แต่ในที่สุดแล้วถูกใช้ถูกสอดไส้ วางกลไกต่างๆ ไว้โดยคนบางกลุ่มให้กลายเป็นกระบวนการที่ทำงานไม่ได้ เพื่อห่อหุ้มความไม่เป็นประชาธิปไตยของการเมืองเอาไว้

โจทย์ใหญ่คือกระบวนการทางการเมืองแบบนี้จะดำเนินต่อไปอย่างไร เป็นไปได้ว่าในที่สุดจะการสร้างกระบวนการทางการเมืองบางอย่างขึ้นมา โดยเอาบุคคลกลุ่มต่างๆ ที่ดูเหมือนจะไม่ฝักใฝ่ฝ่ายใด เข้ามาชูธงปฏิรูปการเมือง ชูธงแก้รัฐธรรมนูญ แล้วบอกว่าเรามีเวทีแบบนี้แล้ว ทุกท่านที่ขัดแย้งเข้ามาใช้เวทีแบบนี้ให้เป็นประโยชน์สิ อย่าไปเดินขบวนบนท้องถนน อย่าไปชุมนุมนอกสภา อย่าไปปราศรัย อย่าไปโฟนอิน แล้วพลังฝ่ายประชาธิปไตยอาจรู้สึกว่า บรรยากาศทางการเมืองไทยคลี่คลายมากขึ้นแล้ว มีการเปิดโอกาสให้คนหลายๆ ฝ่ายได้พูดมากขึ้น มีการพูดถึงเรื่องปฏิรูปการเมืองมากขึ้น การพัฒนาการเมืองมากขึ้น แต่ถ้ามองในเงื่อนไขทั้งหมด ภาพจะเป็นตรงข้ามคือ สิ่งที่เกิดขึ้นทั้งหมด การเมืองไทย ณ วันนี้ ก็คือผลของการเมืองไทยก่อน 19 ก.ย.คือมีความขัดแย้งกันระหว่างคนชนชั้นหลายกลุ่ม และชนชั้นนำบางกลุ่มก็พยายามหาทางใช้ประชาธิปไตยเป็นเครื่องมือในการจรรโลงอำนาจของตนเองให้มากที่สุดต่อไปเรื่อยๆ ถ้าใช้รัฐธรรมนูญ การเลือกตั้งเป็นเครื่องมือได้ก็จะใช้ ถ้าไม่ได้ก็อาจใช้การรัฐประหาร

สำหรับประเด็นปัญหาเช่นเรื่อง ศาลหรือองคมนตรี น่าเสียดายที่ในสังคมแบบนี้เป็นเรื่องที่มีข้อจำกัดในตัวเองพอสมควร ไม่สามารถพูดหรือผลักให้เป็นประเด็นในเวทีสาธารณะได้อย่างเปิดเผยนอกจากทางวิชาการ ดังนั้นที่พอทำได้คือการตั้งคำถาม อภิปราย ในเรื่องที่รองกว่านั้นเช่น เรื่องศาลรัฐธรรมนูญ อาจต้องเริ่มตั้งคำถามว่า ศาลรัฐธรรมนูญมีความชอบธรรมในการตัดสินใจเรื่องต่างๆ ทางการเมืองอย่างไร ความชอบธรรมของศาลรัฐธรรมนูญควรมาจากการเป็นศาลรัฐธรรมนูญหรือตุลาการรัฐธรรมนูญอย่างเดียว หรือควรมาจากความชอบธรรมบางอย่างที่อยู่นอกรัฐธรรมนูญด้วย เช่นความยอมรับของประชาชน

ในที่สุดแล้ว ปัญหาหลักในการเมืองไทยทุกวันนี้อาจจะเป็นเรื่องของความไม่สามารถ หรือความไม่รู้ว่าจะจัดการอย่างไีรกับความขัดแย้งหรือความเห็นทางการเมืองที่แตกต่าง รุนแรงมากในปัจจุบัน สำหรับคนจำนวนหนึ่งไม่รู้จะจัดการอย่างไร จึงยอมรับให้ทหารรัฐประหารเสีย ให้ศาลรัฐธรรมนูญหรือตุลาการรัฐธรรมนูญบอกว่า ควรจะจบอย่างไรในเรื่องนี้ เช่น กรณีคุณสมัคร

ประสิทธิ์ ปิวาวัฒนพานิช อาจารย์คณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ กล่าวว่า ปัญหาใหญ่ของรัฐธรรมนูญฉบับนี้ คือการดึงตุลาการเข้ามาเกี่ยวข้องกับการเมืองมาก สังเกตจาก กกต. ท่่านหนึ่งยอมรับภายหลังเกษียณว่า กกต. เป็นของปลอมและถึงเวลาที่ตุลาการจะกลับเข้ากรมกอง  ทั้งนี้ ไม่มีรัฐธรรมนูญฉบับใดที่ให้ประธานศาล 3 ศาลรวมถึงตุลาการต่างๆ เข้ามาเป็นคณะกรรมการสรรหาองค์กรอิสระ และ ส.ว.

ประสิทธิ์ กล่าวว่า ถ้าจำกันได้ ตอนที่มีกระบวนการรับฟังความคิดเห็นรัฐธรรมนูญ 2550 ศาลได้ตั้งคณะกรรมการขึ้นหนึ่งชุดแล้วส่งความเห็นไปยัง ส.ส.ร.ว่าไม่เห็นด้วยที่จะเอาศาลไปนั่งเป็นกรรมการสรรหา โดยให้เหตุผลว่า งานศาลมีเยอะอยู่แล้ว และเป็นเรื่องทางการเมือง ทั้งนี้ จะสังเกตได้ว่า ถ้าเป็นคดีแพ่ง-คดีอาญาไม่ค่อยมีใครเคลือบแคลง แต่พอยุ่งเกี่ยวกับการเมืองมากจะเริ่มมีผลกระทบต่อความน่าเชื่อถือของศาลเอง

อีกกรณีคือ มาตรา 190 ซึ่งเกี่ยวกับการทำสนธิสัญญาต่างประเทศ ซึ่งหลายคนตั้งข้อสังเกตว่าจะทำให้นโยบายด้านการต่างประเทศของไทยจะเป็นอัมพาต หากทุกอย่างต้องโยนมาที่สภา ไม่มีใครกล้าตัดสินใจ ขณะที่งานของสภามีมากอยู่แล้ว คงไม่มีเวลาพิจารณาหนังสือสัญญา ซึ่งเป็นเรื่องเทคนิค เป็นเรื่องยาก จะทำให้สภาเสียเวลาพิจารณาตัวบทกฎหมาย ซึ่งรัฐธรรมนูญ 2550 บังคับไว้ว่า ต้องพิจารณาให้แล้วเสร็จใน 60 วันอีกด้วย มิหนำซ้ำในวรรคท้าย กรณีที่เกิดปัญหาก็ให้ศาลรัฐธรรมนูญเป็นผู้วินิจฉัยว่า สนธิสัญญาประเภทใดที่ต้องผ่านสภา ซึ่งหลายคนไม่เห็นด้วย เพราะสนธิสัญญาเป็นเรื่องของฝ่ายบริหาร ศาลรัฐธรรมนูญไม่ได้เชี่ยวชาญกฎหมายระหว่างประเทศ นอกจากนี้ มาตรา 190 ก็ไม่ได้บังคับด้วยว่า ตอนที่จะส่งให้ศาลรัฐธรรมนูญวินิจฉัยต้องส่งก่อนหรือส่งหลังผูกพัน ที่ฝรั่งเศส ทันทีที่ข้อตกลงมีผลผูกพัน ศาลปกครอง ศาลรัฐธรรมนูญจะไม่ทบทวน ไม่พิจารณาเด็ดขาด เพราะถือเป็นเรื่องการกระทำของฝ่ายบริหาร

อีกเรื่องหนึ่งคือเรื่องขององคมนตรี ซึ่งที่ผ่านมามีบทบาทสำคัญทางการเมือง แต่ไม่ได้รับการตรวจสอบ ในหมวดว่าด้วยการตรวจสอบอำนาจรัฐ เรื่องการประกาศทรัพย์สินและการกระทำที่ขัดต่อผลประโยชน์ ส่วนใหญ่ใช้แต่กับนักการเมือง ในอนาคตอาจต้องรวมถึงองคมนตรีด้วย โดยอาจต้องระบุให้ชัดเจนว่า องคมนตรีจะเข้ามายุ่งเกี่ยวกับการเมืองไม่ได้ นอกจากนี้ ต่อไปอาจต้องเริ่มพูดถึง การจัดเก็บภาษีมรดก ภาษีที่ดินอย่างจริงจัง ต้องมีการกระจายรายได้อย่างเป็นธรรม รวมถึงต้องทำให้เกิดหลักความสูงสุดของรัฐบาลพลเรือน

คณิน บุญสุวรรณ อดีต ส.ส.ร.40 กล่าวว่า รัฐธรรมนูญนี้เป็นเพียงส่วนหนึ่งของปัญหาการเมืองไทย สิ่งสำึัคัญที่เป็นต้นเหตุปัญหาคือ การรัฐประหาร 19 กันยา และด้วยเหตุที่คณะรัฐประหารต้องการคงอำนาจตัวเองให้นาน จึงมีบทบัญญัติที่ึ่ไม่คิดว่าสังคมโลกจะมี โดยมีความพยายามให้เกิดรัฐธรรมนูญซ้อนรัฐธรรมนูญ เพราะในช่วงยกร่างรัฐธรรมนูญมีเพียง299 มาตราเท่านั้น เสร็จแล้วงอกมาอีก 10 มาตรา โดยไม่เคยบอกประชาชนก่อน

ปัญหาที่รัฐธรรมนูญนี้สร้างขึ้น คือ 1. มีของปลอมเยอะไปหมด ไม่เฉพาะแต่ กกต. แต่ยังรวมถึง ป.ป.ช., สตง., ผู้ตรวจการแผ่นดิน รวมถึง ส.ว.สรรหา 74 คน ทั้งยังบันดาลให้บุคคลเดียว ดำรงตำแหน่งได้ 4-5 ตำแหน่ง 2. รัฐธรรมนูญนี้มี 2 ฉบับซ้อนกัน ม.1- ม.291 เป็นฉบับหนึ่ง บทเฉพาะกาลเป็นอีกฉบับ เพราะแทนที่จะรองรับตัวบท แต่นี่ไปหักล้างตัวบท 3. มีลักษณะผลประโยชน์ทับซ้อนระหว่างผู้ร่างกับผู้ได้รับประโยชน์จากรัฐธรรมนูญ 4.ทำลายหลักการแบ่งแยกอำนาจ 3 ฝ่าย และยังเพิ่มเป็น 4 ฝ่ายคือ หมวดองค์กรตามรัฐธรรมนูญ องค์กรอิสระ มีอำนาจมากและยึดโยงกับศาลจนเป็นอันหนึ่งอันเดียวกัน ผู้ดำรงตำแหน่งไม่สรรหาใหม่แต่เป็นตามที่ คมช.ตั้งแต่เดิม กระบวนการยุติธรรมที่เกิดจากความไม่ถูกต้อง ทำให้กระบวนการยุติธรรมมีปัญหา ไม่สามารถคุ้มครองสิทธิเสรีภาพของประชาชนได้อย่างเท่าเทียมกัน

5.ทำให้ระบบศาลทั้งระบบถูกแปรสภาพเป็น โรงเชืดทางการเมือง โดยสร้างกลไกให้ศาลมีอำนาจเชือดผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง 6. ทำให้ระบบนิติบัญญัติผิดเพี้ยนไปจากระบอบประชาธิปไตยและหลักสาากล อาจเป็นฉบับแรกของโลกที่กำนหดให้ศาลมีอำนาจเสนอกฎหมายเองได้ โดยเฉพาะรัฐธรรมนูญมีอำนาจแก้ไขรัฐธรรมนูญได้โดยไม่ต้องผ่านสภา เกิดมาแล้ว 2ครั้ง คือ กรณีคำแถลงการณ์ร่วมปราสาทเขาพระวิหาร เติม "อาจจะ" เสียดินแดน, กรณีสมัครทำรายการอาหารถือเป็นลูกจ้าง มีคำสั่งต่อท้ายด้วยห้ามสมัครรักษาการนายกฯ ทั้งที่ศาลไม่มีอำนาจก้าวล่วงการบริหารราชการแผ่นดิน

ธีระ สุธีวรางกูร อาจารย์คณะนิติศาสตร์ ธรรมศาสตร์ กล่าวว่า ก่อนหน้าจะมีการประกาศใช้รัฐธรรมนูญ 50 อาจารย์คณะนิติ มธ. 5 ประกาศไม่รับร่างนี้ โดยหลัก 3 ข้อ คือ ที่มาของรัฐธรรมนูญ, กระบวนการในการยกร่าง, เนื้อหารัฐธรรมนูญ ปัญหาหลักๆ คือ 1.หลักการพื้นฐานที่ควรปรากฏอยู่ในรัฐธรรมนูญ 2.การจัดระบบของสิ่งต่างๆ ในรัฐธรรมนูญ โดยเฉพาะหมวดขององค์กรของรัฐ ความสัมพันธ์ระหว่างองค์กรของรัฐ 3.ปัญหาเชิงเทคนิคและวิธีการที่ปรากฏในรัฐธรรมนูญ

จะยกตัวอย่างขยายความดังนี้ ข้อแรก เรื่องหลักการพื้นฐาน เช่น เรื่องที่มาของส.ว.แยกไว้ 2 ส่วน เลือกตั้งและสรรหา จะว่าไปแล้วก็เป็นไปได้ที่จะกำหนดให้ ส.ว.มาจากการสรรหาโดยไม่ขัดกับหลักการประชาธิปไตย แต่มันมีปัญหาเพราะเรากำหนดอำนาจหน้าที่ของ ส.ว.สรรหา และการเลือกตั้งให้มีอำนาจถอดถอนองค์กรของรัฐ และฝ่ายนิติบัญญํติด้วยกันเอง และส.ว.ที่มาจากการสรรหามาของกรรมการสรรหาทำให้เห็นชัดในการแสดงตัวเป็นปฏิปักษ์ต่อฝ่ายหนึ่งฝ่ายใดในที่สุด การกำหนดโครงสร้างของ ส.ว.สรรหาจึงเป็นการเข้ามายึดกุมอำนาจในสภาสูง โดยองค์กรของรัฐที่ไม่ใช่ระบบปกติ

สอง การจัดระบบองค์กรของรัฐ เน้นไปที่องค์กรตุลาการ การจัดระบบองค์กรของรัฐโดยให้องค์กรตุลาการมีบทบาทในการสรรหาองค์กรอิสระ ให้มีอำนาจตรวจสอบฝ่ายบริหาร นิติบัญญัติ กว้างขวางมากขึ้น สะท้อนว่ารัฐธรรมนูญให้ความสำคัญในการวางบทบาทองค์กรตุลาการ โยงกับ ที่มาของ ส.ว. ในที่สุดองค์กรตุลาการจึงอยู่ในฐานะหัวหอกคัดเลือกคนทำหน้าที่ควบคุมอำนาจที่ถูกล้มล้างไปหลังรัฐประหาร บางท่านเรียก "กระบวนการตุลาการภิวัตน์"  ซึ่งมีผลต่อการขัดกันของหลักการแบ่งแยกอำนาจ แต่ที่มากไปกว่านั้นคือ เมื่อองค์ประกอบขององค์กรตุลาการมีที่มาหรือได้บุคลากรที่แสดงตัวเป็นปฏิปักษ์ในทางการเมืองกับฝ่ายการเมืองปชต. องค์กรตุลาการทั้งหมดจะถูกลดทอนความน่าเชื่อถือไปด้วย

สาม ปัญหาเชิงเทคนิคทางนิติศาสตร์ เช่น เรื่องการรับรองอำนาจให้คณะกรรมการปปช. กกต. มาเป็นองค์กรตามรัฐธรรมนูญ50 มีระยะเวลาตามที่รัฐธรรมนูญกำหนด ปกติเรื่องการรับรององค์กรตามรัฐธรรมนูญฉบับเดิมมาเป็นตามรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ ไม่ใช่ปัญหาอะไรมากในภาวะปกติ แต่เรื่องนี้ไม่ใช่การเปลี่ยนผ่านปกติ เพราะปปช. กกต. ถูกตั้งโดยคณะรัฐประหาร แล้วเมื่อเอาองค์กรที่ตั้งโดยรัฐประหารมาเป็นองค์กรตามรัฐธรรมนูญฉบับถาวร มันหมายถึงว่ารัฐธรรมนูญฉบับถาวรยอมรับสิ่งที่ได้จากรัฐประหาร อีกประการคือ มาตรา 309 เป็นปัญหาที่คลาสสิกมากที่สุดในประวัติศาสตร์การเมืองไทย เป็นการรับรองความชอบด้วยรัฐธรรมนูญของประกาศ คปค. เป็นการรับรองความถูกต้องของสิ่งไม่ถูกต้องให้มีผลต่อไปทางกฎหมาย ผู้ตกอยู่ใต้บังคับประกาศ คปค.ก็ขอให้ตรวจสอบไม่ได้