19 ธ.ค.2549  เว็บไซต์ทำเนียบรัฐบาลระบุว่า คณะรัฐมนตรี (ครม.) รับทราบผลการเจรจาความตกลงหุ้นส่วนทางเศรษฐกิจไทย-ญี่ปุ่น (JTEPA) ตามร่างข้อตกลงที่ได้เจรจาตกลงกับฝ่ายญี่ปุ่น ซึ่งได้รับความเห็นชอบจากหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหมดแล้ว นอกจากนี้ครม.ยังรับทราบการมอบหมายเจ้าภาพหลักและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเพื่อปฏิบัติตามพันธกรณีตาม JTEPA ในภาพรวมและบทต่าง ๆ  เพื่อเป็นแนวทางให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องดำเนินการต่อไป

พล.อ.สุรยุทธ์ จุลานนท์ กล่าวว่า หลังจากการทำประชาพิจารณ์เพื่อรับฟังความเห็นจากประชาชนแล้ว หลังจากนั้นจะประสานกับสมาชิกสภานิติบัญญัติแห่งชาติ เพื่อดำเนินการชี้แจง และทำความเข้าใจต่อไป

ก่อนหน้านี้ มีกระแสวิพากษ์วิจารณ์กันว่า กระทรวงการต่างประเทศไม่ควรนำร่างข้อตกลงนี้เข้าสู่ ครม.ก่อนการทำประชาพิจารณ์ในวันศุกร์ที่ 22 ธ.ค.นี้ เพราะเท่ากับการประชาพิจารณ์เป็นเพียงพิธีกรรม เรื่องนี้นายพิศาล มาณวพัฒน์ รองปลัดกระทรวงการต่างประเทศ ชี้แจงไว้ในเว็บไซต์ของกระทรวงเมื่อวันที่ 18 ธ.ค.ว่า การนำข้อตกลงเข้าครม.ก็เพื่อให้รับทราบการเจรจาทั้งหมดเท่านั้น และเพื่อแจ้งครม.ว่าจะมีการจัดประชาพิจารณ์ในวันที่ 22 ธ.ค.นี้ ที่จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

นายพิศาลระบุด้วยว่า มีบางกลุ่มที่ไม่เห็นด้วยกับ JTEPA  และต้องการหาเหตุไม่ให้มีการทำประชาพิจารณ์ หรือหากมีก็จะไม่เข้าร่วม หรือจัดเวทีแยก เพื่อกดดันรัฐบาลและสร้างกระแสต่อต้านผ่านสื่อมวลชน ไม่ต้องการเผชิญ ข้อเท็จจริง

นายบัณฑูร เศรษฐศิโรตม์ จาก FTA Watch กล่าวว่า เดิมทีกลุ่มเอฟทีเอวอทช์ได้รับการติดต่อให้ขึ้นเวทีเพื่อร่วมซักถามประเด็นต่างๆ กับหน่วยงานรัฐในภาคบ่ายของวันที่เปิดประชาพิจารณ์ แต่ในที่สุดโปรแกรมมีการเปลี่ยนแปลง และรายการภาคบ่ายถูกตัดทิ้งไป นอกจากนี้กระบวนการพิจารณาข้อตกลงนี้ก็ค่อนข้างแปลก เพราะเมื่อผ่านสภานิติบัญญัติแห่งชาติ (สนช.) ซึ่งเทียบเท่ารัฐสภาแล้ว ก็ยังต้องกลับมาให้ครม.อนุมัติ

นางสาวกรรณิการ์ กิจติเวชกุล จาก FTA Watch กล่าวว่า กระบวนการมีส่วนร่วมของกระทรวงการต่างประเทศไม่มีความโปร่งใสมาตั้งแต่ต้น แม้ขณะนี้ทางกระทรวงจะให้เข้าไปดูข้อตกลงได้ แต่ก็ห้ามนำออกมาเผยแพร่ในวงกว้างทั้งที่เป็นสิ่งที่ควรจะทำ และเป็นไปไม่ได้ที่ทางกลุ่มจะศึกษาข้อตกลงซึ่งมีความสลับซับซ้อนได้อย่างรวดเร็วภายในไม่กี่วัน นอกจากนี้หลังจากเวทีประชาพิจารณ์แล้วก็ไม่เห็นว่ามีการระบุขั้นตอนที่ชัดเจนที่จะสามารถแก้ไขข้อตกลงส่วนที่มีปัญหา ส่งผลกระทบต่อประชาชนได้เลย ดังนั้น กลุ่ม FTA Watch จึงจะจัดแถลงข่าวเรื่องนี้ต่อทันทีหลังจากเสร็จสิ้นการประชาพิจารณ์ในช่วงครึ่งวันเช้า

อย่างไรก็ตาม หนังสือพิมพ์ประชาติธุรกิจได้ถอนตัวจากการเป็นผู้ร่วมจัดเวทีประชาพิจารณ์ร่วมกับศูนย์วิจัยเศรษฐศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยไปแล้ว และมีกระแสข่าวว่าทางจุฬาฯ เองก็อาจจะถอนตัวเช่นกัน

เกี่ยวกับเรื่องนี้ รศ.ดร.ชวนชัย อัชนันท์ หัวหน้า หัวหน้าคณะผู้ดำเนินการจัดประชาพิจารณ์จากจุฬาฯ ยืนยันว่าจะยังคงเป็นเจ้าภาพจัดเวทีประชาพิจารณ์ในวันศุกร์นี้ โดยระบุว่าการนำเข้าครม.ครั้งนี้เป็นเพียงแจ้งให้ทราบถึงสิ่งที่ดำเนินการมาแล้ว ซึ่งเป็นเรื่องที่รับได้

"หลังจากประชาพิจารณ์แล้ว ก็คงต้องสรุปผลส่งกระทรวงการต่างประเทศ และให้พิจารณาว่าควรจะทำประชาพิจารณ์อีกรอบหรือไม่ คาดว่าน่าจะจัดไม่เกิน 2 ครั้ง"

เมื่อถามถึงกรณีที่มีข้อเรียกร้องให้เปิดเผยข้อตกลงก่อนที่จะมีการประชาพิจารณ์นั้น รศ.ดร.ชวนชัย กล่าวว่า ตนเองก็อยากให้ทางกระทรวงการต่างประเทศเปิดเผยข้อมูล และไม่เข้าใจในเหตุผลเช่นกันว่าทำจึงไม่เปิด