สถานการณ์ความรุนแรงในภาคใต้ของไทย ยังเป็นจุดสนใจของนายอิกเมเลดิน อิห์ซาโนกลู (Ekmeleddin Ihsanoglu) เลขาธิการองค์การการประชุมชาติอิสลาม (โอไอซี) Organization of Islamic Conference: OIC ซึ่งกระตุ้นให้รัฐบาลไทยแก้ไขปัญหาดังกล่าวด้วยการคำนึงถึงความแตกต่างทางวัฒนธรรม

ทั้งนี้ เลขาธิการองค์การการประชุมชาติอิสลามได้กล่าวในพิธีเปิดขององค์การการประชุมชาติอิสลามครั้งที่ 33 ซึ่งจัดขึ้นในวันที่ 18 มิถุนายน 2549 ณ กรุงบากู สาธารณรัฐอาเซอร์ไบจัน โดยสรุปว่าโอไอซีมีการติดต่อและแลกเปลี่ยนกับทางรัฐบาลไทย อันเป็นผลสืบเนื่องจากการร่วมกันสืบหาข้อเท็จจริงในภารกิจซึ่งเริ่มต้นขึ้นตั้งแต่เดือนมิถุนายนปีที่ผ่านมา ซึ่งตัวแทนของโอไอซีที่เป็นแกนนำในภารกิจดังกล่าวคือ ซาเอ็ด กาซิม อัล-มาสรี อดีตผู้ช่วยเลขาธิการโอไอซี และเป็นผู้เชี่ยวชาญด้านสิทธิมนุษยชน

ประเด็นสำคัญซึ่งโอไอซีเน้นเป็นพิเศษ นอกเหนือจากเรื่องการหาแนวทางรับมือกับปัญหาความขัดแย้งระหว่างอิสราเอลและปาเลสไตน์ รวมถึงสถานการณ์ในอิหร่าน โซมาเลีย และความหวาดกลัวมุสลิม (Islamophobia) แล้ว ก็คือการกล่าวถึงสถานการณ์ชายแดนภาคใต้ของไทยด้วย โดยพูดถึงความเคลื่อนไหวของรัฐบาลไทยและโอไอซีตลอดปีที่ผ่านมาในการแก้ปัญหาเรื่องชาวมุสลิมซึ่งมีสถานะเป็นชนกลุ่มน้อย

อย่างไรก็ตาม กันตธีร์ ศุภมงคล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ ซึ่งเป็นตัวแทนประเทศไทยไปร่วมประชุมในฐานะผู้สังเกตการณ์กล่าวว่า ความห่วงใยต่อสถานการณ์ทางภาคใต้ของไทยเป็นสิ่งที่รัฐบาลไทยกำลังพยายามแก้ไขปัญหาอย่างต่อเนื่องเพื่อให้เกิดความสงบสุขโดยเร็ว

นอกจากนี้นายกันตธีร์ ยังเปิดเผยว่า ข้อเสนอที่พูดกันในที่ประชุมโอไอซีและแนวทางการแก้ไขปัญหาที่จัดทำโดยกรรมการอิสระเพื่อความสมานฉันท์แห่งชาติ (กอส.) มีความสอดคล้องกันอย่างเห็นได้ชัด คือการแก้ปัญหาโดยคำนึงถึงความแตกต่างทางด้านศาสนา ภาษา และวัฒนธรรม

ทางด้านซาอิด ฮามิด อัลบาร์ รัฐมนตรีต่างประเทศมาเลเซีย ได้ตอกย้ำบทบาทของโอไอซีว่า จะต้องมีการเปลี่ยนแปลง โดยจะต้องปรับบทบาทของโลกมุสลิมให้เข้ากับสถานการณ์โลกในปัจจุบัน ทั้งเรื่องการให้ความสำคัญกับการสร้างธรรมาภิบาล สิทธิมนุษยชน และความร่วมมือกับประเทศนอกมุสลิม นอกจากนั้นยังตัองสร้างความมั่นคงทางด้านเศรษฐกิจ เพื่อยืนยันนโยบายที่ว่ามุสลิมไม่ได้มีการสอนหรือสนับสนุนให้ใช้ความรุนแรงใดๆ ในการแก้ปัญหา