เมื่อวันที่ 8 มิ.ย. 55 เวลา 9.00 น. ศาลอาญานัดอ่านคำพิพากษาศาลอุทธรณ์ใน กรณีญาติผู้เสียชีวิตจากเหตุการณ์ตากใบจำนวน 34 คน ยื่นคำร้องต่อศาลอาญาให้เพิกถอนคำสั่งไต่สวนการตายของศาลจังหวัดสงขลา เนื่องจากเห็นว่าเป็นคำสั่งที่ไม่ถูกต้องและไม่เป็นธรรมตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย และศาลอาญามีคำสั่งไม่รับคำร้อง ผู้ร้องจึงได้อุทธรณ์คำสั่งของศาลอาญา โดยศาลอุทธรณ์มีคำพิพากษาว่า “ ศาลอุทธรณ์ตรวจสำนวนประชุมปรึกษาแล้ว มีปัญหาต้องวินิจฉัยตามอุทธรณ์ว่า ศาลอาญามีอำนาจพิจารณาคดีนี้หรือไม่ เห็นว่าศาลจังหวัดสงขลารับคดีไว้และทำการพิจารณาพิพากษาไปแล้ว นางสาวมัสตะกับพวกจึงมาคำร้องต่อศาลอาญา ซึ่งกรณีเช่นนี้ศาลอาญาจึงไม่อาจรับคดีไว้พิจารณาได้อีก เป็นการต้องห้ามตามพระธรรมนูญศาลยุติธรรม พ.ศ. 2535 มาตรา 15 ที่ศาลอาญามีคำสั่งไม่รับคำร้อง ศาลอุทธรณ์เห็นพ้องด้วย อุทธรณ์ของนางสาวมัสตะ กับพวกรวม 34 คน ฟังไม่ขึ้น พิพากษายืน ”
คดีนี้ เนื่องจากเมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม 2552 ศาลจังหวัดสงขลาได้มีคำสั่งในคดีไต่สวนชันสูตรพลิกศพหรือคดีไต่สวนการตายกรณีผู้เสียชีวิตในระหว่างการขนย้ายผู้ชุมนุมบริเวณหน้าสถานีตำรวจภูธรตากใบ จังหวัดนราธิวาส ไปยังค่ายอิงคยุทธบริหาร อำเภอหนองจิก จังหวัดปัตตานี เป็นเหตุให้มีผู้เสียชีวิตจำนวน 78 คน โดยศาลจังหวัดสงขลาได้มีคำสั่งว่า ผู้ตายทั้ง 78 คน เสียชีวิตเนื่องจากขาดอากาศหายใจ ในระหว่างอยู่ในความควบคุมตัวของเจ้าพนักงานที่ปฏิบัติราชการตามหน้าที่
ญาติผู้เสียชีวิตเห็นว่าคำสั่งดังกล่าวเป็นคำสั่งที่ไม่เป็นไปโดยถูกต้อง และไม่เป็นธรรม ตามรัฐนูญแห่งราชอาณาจักรไทย ม. 3 , 27, 28, 32, 197 กติการระหว่างประเทศว่าด้วยสิทธิพลเมืองและสิทธิทางการเมือง (ICCPR) ข้อ 2, 6, 7, 14 และไม่ชอบด้วยประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาคดีอาญา ม.150 เนื่องจากหน่วยงานของรัฐต้องปฏิบัติหน้าที่ให้เป็นไปตามหลักนิติธรรม และคำนึงถึงศักดิ์ศรีความเป็นมนุษย์ สิทธิเสรีภาพ และความเสมอภาคของบุคคลย่อมได้รับความคุ้มครอง แต่กรณีผู้เสียชีวิตในระหว่างการขนย้ายผู้ชุมนุมในเหตุการณ์ตากใบนี้ เมื่อรับฟังจากคำให้การพยานในคดีแล้ว เห็นว่า การปฏิบัติหน้าที่ของเจ้าพนักงานเป็นไปโดยไม่ถูกต้องและไม่เป็นธรรม เมื่อวันที่ 29 มิถุนายน 2552 ญาติผู้เสียชีวิตจำนวน 34 คน จึงได้ยื่นคำร้องขอเพิกถอนคำสั่งไต่สวนชันสูตรพลิกศพของศาลจังหวัดสงขลา ต่อศาลอาญา โดยอาศัยสิทธิตามรัฐธรรมนูญ ซึ่งศาลอาญามีเขตอำนาจทั่วอาณาจักร เนื่องจาก กฎหมายกำหนดให้คำสั่งไต่สวนชันสูตรพลิกศพถึงที่สุด จึงไม่อาจอุทธรณ์คำสั่งของศาลจังหวัดสงขลาต่อศาลอุทธรณ์ได้
ต่อมา ศาลอาญามีคำสั่งไม่รับคำร้องขอเพิกถอนคำสั่งไต่สวนชันสูตร เนื่องจากเห็นว่าศาลอาญาและศาลจังหวัดสงขลาเป็นศาลยุติธรรมชั้นต้นด้วยกัน เมื่อคดีศาลสงขลารับคดีไว้พิจารณาแล้ว ศาลอาญาจึงไม่อาจพิจารณาได้อีก ในวันที่ 29 กรกฎาคม 2552 ญาติผู้เสียชีวิตดังกล่าวจึงได้อุทธรณ์คำสั่งไม่รับคำร้องของศาลอาญาต่อศาลอุทธรณ์ จึงได้มีการคำพิพากษาศาลอุทธรณ์ดังกล่าว