เมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2552 ที่ผ่านมา คณะทำงานยุติธรรมเพื่อสันติภาพ Working Group on Justice for Peace 24/158 ซอยลาดพร้าว 21 ถนนลาดพร้าว แขวงลาดพร้าว เขตจตุจักร กรุงเทพฯ แจ้งว่า เมื่อวันที่ 10 กุมภาพันธ์ 2552 สำนักงานอัยการสูงสุด โดยนายวัยวุฒิ หล่อตระกูล รองอัยการสูงสุดปฏิบัติหน้าที่แทนอัยการสูงสุด ได้มีหนังสือที่ อส 0023.1/ 1425 ถึงนางอังคณา นีละไพจิตร ประธานคณะทำงานยุติธรรมเพื่อสันติภาพ แจ้งกรณีที่คณะทำงานยุติธรรมเพื่อสันติภาพได้มีหนังสือที่ ยพส -กรุงเทพฯพิเศษ 25/05/2550 ลงวันที่ 25 พฤษภาคม 2550 ขอให้ดำเนินการกรณีการเสียชีวิตทีมัสยิดกรือเซะ ตามกฎหมายเพื่อประโยชน์แห่งความยุติธรรม ตามคำสั่งศาลจังหวัดปัตตานี คดีหมายเลข ช. 4/ 2547 เมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน 2549

โดยสำนักงานอัยการสูงสุด แจ้งว่า คดีนี้ผู้ว่าราชการจังหวัดปัตตานีส่งสำนวนการสอบสวนของพนักงานสอบสวนสถานีตรวจภูธรอำเภอเมืองปัตตานี จังหวัดปัตตานี และสำนวนการไต่สวนของศาลจังหวัดปัตตานี คดีฆาตกรรมซึ่งนายสการียา ยูโซ๊ะ กับพวกรวม 32 คนผู้ตาย ถูกจ่าสิบตำรวจอดินันท์หรืออดินันต์ เกษตรกาลาห์หรือเกษตรกาลาม์หรือเกษตรกาลา กับพวกรวม 6 คน ผู้ต้องหา ซึ่งเป็นเจ้าพนักงานซึ่งอ้างว่าปฏิบัติหน้าที่ฆ่า ไปให้อัยการสูงสุดพิจารณา ตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา มาตรา 143

ซึ่งอัยการสูงสุดพิจารณาแล้วมีคำสั่งไม่ฟ้องจ่าสิบตำรวจอดินันท์ หรืออดินันต์ เกษตรกาลาห์ หรือเกษตรกาลาม์หรือเกษตรกาลา ผู้ต้องหาที่ 1 จ่าสิบเอกเดชา ผลาหาญ ผู้ต้องหาที่ 2 จ่าสิบเอกชูศักดิ์ ตรุณพิมพ์ ผู้ต้องหาที่ 3 สิบเอกชิดชัย อ่อนโต๊ะ ผู้ต้องหาที่ 4 พลทหารสุรชัย ศิลานันท์ ผู้ต้องหาที่ 5 และพันเอกมนัส คงแป้น ผู้ต้องหาที่ 6 ฐานร่วมกันฆ่าผู้อื่น ตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 288, 83, 68

คณะทำงานยุติธรรมเพื่อสันติภาพ ระบุว่า สำหรับคดีนี้ ตามคำสั่งศาลจังหวัดปัตตานี คดีหมายเลข ช. 4/ 2547 เมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน 2549 ว่า "...ผู้เสียชีวิตทั้งหมด 32 คนถูกเจ้าหน้าที่กระทำให้เสียชีวิต ในจำนวนนี้มี 4 คน เสียชีวิตเมื่อเวลาประมาณ 05.00 น. บริเวณหน้ามัสยิดกรือเซะ ส่วนอีก 28 คนเสียชีวิตภายในมัสยิดหรือเซะเมื่อเวลา 14.00 น. ซึ่งเป็นการเสียชีวิตภายใต้คำสั่งการของ พล.อ.พัลลภ ปิ่นมณี รองผู้อำนวยการรักษาความมั่นคงภายใน (กอ.รมน) พันเอกมนัส คงแป้น ผู้บังคับการหน่วยเฉพาะกิจปัตตานี และพันตรีธนภัทร นาคชัยยะ นายทหารยุทธการกรมรบพิเศษที่ 3 (ยศขณะนั้น) ทั้งนี้ศาลปัตตานีได้ส่งคำสั่งให้อัยการจังหวัดปัตตานีดำเนินการตามกระบวนการยุติธรรมปกติต่อไป"

คณะทำงานยุติธรรมเพื่อสันติภาพ ระบุต่อว่า คดีนี้ ภายหลังเหตุการณ์ 28 เมษายน 2547 รัฐบาลพันตำรวจโททักษิณ ชินวัตร นายกรัฐมนตรี ภายใต้ความเห็นชอบของคณะรัฐมนตรี จึงมีคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรี ที่ 104/2547 ลงวันที่ 4 พฤษภาคม 2547 ให้แต่งตั้ง "คณะกรรมการอิสระไต่สวนข้อเท็จจริงกรณีมัสยิดกรือเซะ" ขึ้น โดยมีนายนายสุจินดา ยงสุนทร อดีตเอกอัครราชทูตและอดีตตุลาการศาลรัฐธรรมนูญ เป็นประธานกรรมการ

คณะกรรมการอิสระฯ เสียงข้างมาก มีความเห็นในข้อ 5.1.1.1 ว่า"...แม้ฝ่ายเจ้าหน้าที่จะอ้างว่า จำเป็นต้องใช้อาวุธเพื่อปกป้องชีวิตตนเองและประชาชนผู้บริสุทธิ์ แต่เมื่อคำนึงถึงที่ตั้งของมัสยิดกรือเซะซึ่งตั้งอยู่อย่างเป็นเอกเทศ ไม่ได้อยู่กลางแหล่งชุมชนและจำนวนประชาชนก็ไม่ได้มีจำนวนมากตามที่มีการกล่าวอ้าง

การใช้วิธีปิดล้อมและตรึงกำลังไว้รอบมัสยิดควบคู่ไปกับการเจรจาและเกลี้ยกล่อมโดยสันติวิธี อาจทำให้ผู้ก่อความไม่สงบยอมจำนนได้ในที่สุด อันจะช่วยให้ฝ่ายเจ้าหน้าที่ได้รับข้อมูลเรื่องวัตถุประสงค์ของการดำเนินการครั้งนี้ รวมทั้งผู้อยู่เบื้องหลัง ซึ่งจะเป็นประโยชน์แก่การประเมินสถานการณ์และป้องกันภัยที่อาจเกิดขึ้นในอนาคต การยุติเหตุการณ์มัสยิดกรือเซะด้วยสันติวิธีจึงมีความเหมาะสมกว่าที่จะใช้วิธีรุนแรงและอาวุธหนักเพื่อยุติเหตุการณ์..."

ทั้งนี้คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งสหประชาชาติได้พิจารณารายงานฉบับแรกของประเทศไทย ตามกติการะหว่างประเทศว่าด้วยสิทธิพลเมืองและสิทธิทางการเมือง (ICCPR) ซึ่งได้เสนอสำนักงานข้าหลวงใหญ่เพื่อสิทธิมนุษยชนแห่งสหประชาชาติ กรุงเจนีวา ประเทศสวิตเซอร์แลนด์ ในการประชุมสามัญครั้งที่ 84 ระหว่างวันที่ 18-20 กรกฎาคม 2548 และคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งประชาชาติได้ตั้งประเด็นข้อกังวลและข้อเสนอแนะ ในข้อที่ 10 (ในข้อ C ข้อ 7-24) เพื่อให้รัฐบาลไทยตอบคำถามชี้แจงเพิ่มเติมในรายงานฉบับที่ 2 นั้น ได้มีความห่วงใยต่อการกล่าวหาอย่างต่อเนื่อง เรื่องมีการละเมิดสิทธิมนุษยชนอย่างรุนแรง

รวมทั้งเรื่องที่มีการวิสามัญฆาตกรรมเกิดขึ้นอย่างกว้างขวาง และการปฏิบัติที่มิชอบโดยเจ้าหน้าที่ตำรวจและเจ้าหน้าที่ของฝ่ายทหาร ซึ่งแสดงให้เห็นจากเหตุการณ์ต่างๆ เช่น กรณีเหตุการณ์ที่ตากใบ เมื่อเดือนตุลาคม 2547 กรณีเหตุการณ์ที่มัสยิดกรือเซะที่เกิดขึ้น เมื่อวันที่ 28 เมษายน 2547 การฆ่าจำนวนมากที่เกิดขึ้นระหว่าง "การทำสงครามกับยาเสพติด"ฯ

รวมทั้งเรื่องการสอบสวนทั้งหลายที่ล้มเหลวในการดำเนินคดีและการลงโทษจำคุกที่เหมาะสมกับขนาดของการกระทำความผิดทางอาญาที่นำไปสู่การสร้าง "วัฒนธรรมการไม่ต้องรับโทษ" คณะกรรมการมีข้อกังวลต่อกับสถานการณ์ที่สะท้อนให้เห็นถึงการขาดการช่วยเหลือเยียวยาที่มีประสิทธิภาพที่จะให้แก่ผู้เสียหายจากการถูกละเมิดสิทธิมนุษยชน

นายวัยวุฒิ กล่าวว่า ตนจำไม่ได้ว่าคดีนี้มีคำสั่งอย่างไร เนื่องจากในจังหวัดชายแดนภาคใต้มีคดีที่สำนักงานอัยการสูงสุดต้องพิจารณาจำนวนมาก โดยคดีใดที่มีคำสั่งแล้วก็จะส่งไปให้อธิบดีอัยการเขต 9 แล้ว

นายสุรศักดิ์ กิติกุล อธิบดีอัยการเขต 9 กล่าวว่า เนื่องจากในจังหวัดชายแดนภาคใต้มีคดีจำนวนมาก จึงจำไม่ได้ว่าคดีไหนมีคำสั่งว่าอย่างไร ขณะเดียวกันในช่วงที่สำนักงานอัยการสูงสุดมีคำสั่งยกฟ้องในคดีนี้ตนเดินทางไปเรียนเพิ่มเติมที่กรุงเทพมหานครเป็นเวลา 3 เดือน เพิ่งเริ่มเข้ามาปฏิบัติหน้าที่อีกครั้งเมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2552 ดังนั้นจึงขอเวลาตรวจสอบ 2 - 3 วัน ก่อนว่าเป็นอย่างไร ซึ่งโดยปกติหากสำนักงานอัยการสูงสุดมีคำสั่งในคดีใดที่เกิดขึ้นในพื้นที่จังหวัดก็จะส่งเรื่องผ่านมายังสำนักงานอัยการเขตก่อนจะส่งต่อไปยังสำนักงานอัยการจังหวัดเจ้าของพื้นที่

อย่างไรก็ตามผู้สื่อข่าวได้สอบถามไปยังสำนักงานอัยการจังหวัดปัตตานี ได้รับคำตอบจากเจ้าหน้าที่ว่ายังไม่มีคำสั่งในคดีดังกล่าวเข้ามายังสำนักงานอัยการจังหวัดปัตตานี