หลังจรัญ ถูกร้องว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับคดี เพราะเคยเป็นกรรมาธิการร่าง รธน.50 ทำให้ขณะนี้เหลือตุลาการศาล รธน.อีก 2 ราย คือนายนุรักษ์ มาประณีต และนายสุพจน์ ไข่มุกด์ ซึ่งเคยเป็นกรรมาธิการยกร่าง รธน.50 นั่งบังลังก์ตุลาการศาล วินิจฉัยคดีนี้

มติชนออนไลน์ รายงานว่า เมื่อเวลา 14.05 น. วันที่ 5 กรกฎาคม 2555 หลังพักการไต่สวนพยานบุคคลฝ่ายผู้ร้องในช่วงเช้า เมื่อเปิดบัลลังก์พิจารณาไต่สวนต่อในช่วงบ่าย นายวสันต์ สร้อยพิสุทธ์ ประธานศาลรัฐธรรมนูญ ได้แจ้งให้ฝ่ายผู้ร้องและผู้ถูกร้องทราบว่านายจรัญ ภักดีธนากุล ตุลาการศาลรัฐธรรมนูญ ได้ขอถอนตัวจากการเป็นองค์คณะตุลาการทั้ง 5 สำนวน เพราะเนื่องจากถูกร้องว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับคดีที่ประชุมของตุลาการศาลรัฐธรรมนูญได้มีมติอนุญาตให้ถอนตัวได้ เพื่อความเป็นกลาง อย่างไรก็ตาม องค์คณะยังทำหน้าที่วินิจฉัยต่อไปได้ ทำให้เหลือ 8 จากองค์คณะ 9

โดยประธานศาลรัฐธรรมนูญ  กล่าวชี้แจงต่อไปว่า หากนายจรัญ ภักดีธนากุล ร่วมตัดสินใจคดีดังกล่าวทั้ง 5 สำนวน อาจถูกวิจารณ์ว่า รู้คำตอบล่วงหน้า

ทั้งนี้ในช่วงเช้า นายชูศักดิ์ ศิรินิล ได้ถามนายจรัญ ภักดีธนากุล เกี่ยวกับคำพูดที่ขอให้รับรัฐธรรมนูญปี 2550ไปก่อน แล้วค่อยแก้ไขในภายหลัง ทำให้นายจรัญ ต้องลุกขึ้นชี้แจงเรื่องดังกล่าวในห้องพิจารณาคดี ว่า "ผมพูดตอนนั้นว่าถ้าไม่ได้รัฐธรรมนูญ 2550 เราจะไม่พ้นจากระบอบปฏิวัติรัฐประหาร ดังนั้น น่าจะต้องรับร่างรัฐธรรมนูญ 2550 ไปก่อน แล้วถ้าเห็นว่าไม่เหมาะสมไม่ควรก็แก้ไขเพิ่มเติมได้ แต่ไม่ได้บอกว่าแก้มาตราเดียวแบบยกเลิกทั้งฉบับ ซึ่งคนละประเด็นกับคดีนี้ ดังนั้นแก้ไขมาตรานั้นมาตรานี้หรือ 100 มาตราก็ไม่มีปัญหา เพราะสังคมจะได้ตรวจสอบแสดงความคิดเห็นในการแก้ไขแต่ละประเด็นแต่ละมาตรา เพราะเป็นเรื่องใหญ่ของประเทศ"

ทั้งนี้เมื่อปี 2550 ในการดีเบตเรื่องรัฐธรรมนูญ ที่จัดโดยมูลนิธิองค์กลางเพื่อประชาธิปไตย นายจรัญกล่าวว่า "ส่วนว่ารัฐธรรมนูญนี้ไม่ดี มีข้อบกพร่อง มีบางจุดหลายจุดที่ท่านนำเสนอมานี้ เราเริ่มกระบวนการแก้ไข การแก้ไขนี้ผมอยากจะให้ ‘เราทำแบบเมื่อปี 2540 เราเสนอแบบให้ 50,000 คนเท่านั้นครับ! แล้วก็ ส.ส.ในสภา 1 ใน 4 เท่านั้นครับ!’ เสนอแก้ไขมาตราเดียวแบบที่เราเริ่มทำในปี 2540 แล้วให้กระบวนการนั้นจัดทำกระบวนการร่างรัฐธรรมนูญของประชาชนขึ้นใหม่ เนี่ยครับ เราก็ว่าถ้าเราเดินอย่างนี้มันจะราบรื่นกว่าที่เราจะใช้วิธีการว่า เอาล่ะ! เราล้มร่างรัฐธรรมนูญฉบับนี้ แล้วคาดหวังว่า คมช. กับ ครม. จะหยิบร่างรัฐธรรมนูญที่ดีที่สุดในอดีต มาปรับปรุงให้ดีกว่าร่างรัฐธรรมนูญฉบับ 2550 ที่เรากำลังทำนี้" (อ่านข่าวที่เกี่ยวข้อง)

โดยหลังการถอนตัวของนายจรัญ ทำให้ขณะนี้เหลือตุลาการศาลรัฐธรรมนูญอีก 2 ราย คือนายนุรักษ์ มาประณีต และนายสุพจน์ ไข่มุกด์ ซึ่งเคยเป็นกรรมาธิการยกร่างรัฐธรรมนูญ 2550 นั่งบังลังก์ตุลาการศาลวินิจฉัยคดีนี้