กรีนพีซชี้ชัดว่าประเทศไทยยังคงบอบช้ำอย่างหนักจากปัญหาการปนเปื้อนของมะละกอจีเอ็มโอ ผลพวงจากการทำงานที่ด้อยประสิทธิภาพและไร้ความรับผิดชอบของกระทรวงเกษตรฯ

"เราพบความผิดพลาดที่ก่อให้เกิดประสบการณ์อันเลวร้ายในอดีตที่ไม่สามารถควบคุมการแพร่กระจายของมะละกอจีเอ็มโอ ปัญหาใหญ่ที่เกิดจากการเพิกเฉยของกระทรวงเกษตรฯ ทั้งที่เป็นหน้าที่ของรัฐบาลที่จะต้องปกป้องผลประโยชน์ของชาวไทยในการบริโภคพืชจีเอ็มโอซึ่งจะก่อให้เกิดภัยคุกคามอันร้ายแรงต่อสุขภาพและสิ่งแวดล้อมของสังคม แต่รัฐบาลกลับเลือกที่จะไม่สนับสนุนผลประโยชน์ของคนทั่วไป ซ้ำร้ายกลับไปสนับสนุนผลประโยชน์ของกลุ่มบริษัทยักษ์ใหญ่ข้ามชาติ" นางสาวณัฐวิภา อิ้วสกุล ผู้ประสานงานรณรงค์ด้านพันธุวิศวกรรม กรีนพีซ เอเชียตะวันออกเฉียงใต้กล่าว  

เดือนกรกฎาคม 2547 กรีนพีซเปิดโปงกระทรวงเกษตรฯ ว่าเป็นสาเหตุทำให้มะละกอไทยปนเปื้อนจีเอ็มโอ โดยมีการทดลองปลูกมะละกอจีเอ็มโอที่สำนักวิจัยและพัฒนาการเกษตร เขตที่ 3 ส่วนแยกพืชสวน จ.ขอนแก่น และปล่อยให้มีการแจกจ่ายเมล็ดพันธุ์มะละกอที่ปนเปื้อนจีเอ็มโอให้กับเกษตรกรไทยกว่า 2,669 ราย ใน 37 จังหวัดทั่วประเทศ เหตุการณ์ดังกล่าวสะท้อนให้เห็นอย่างชัดเจนว่า กระทรวงเกษตรฯ ล้มเหลวอย่างสิ้นเชิงในการควบคุมการแพร่กระจายของพืชจีเอ็มโอ สร้างความเดือดร้อนให้กับเกษตรกรไทย การปนเปื้อนที่ผิดกฎหมายและไม่พึงประสงค์นี้เป็นเหตุให้ตลาดโลกโดยเฉพาะในยุโรปขาดความเชื่อมั่นต่อการส่งออกมะละกอไทย

"ประเทศไทยไม่ควรก้าวเข้าสู่ทิศทางของเกษตรกรรมจีเอ็มโอซึ่งปัจจุบันพบว่าผู้บริโภคทั่วโลกต่อต้านพืชจีเอ็มโอรุนแรงมากยิ่งขึ้นในลักษณะที่ไม่เคยมีมาก่อน และด้วยปัญหาสิทธิบัตรพืชจีเอ็มโอจะผลักให้ประเทศไทยหลุดออกจากการเป็นผู้นำทางด้านอาหารและสินค้าเกษตรโลก เนื่องจากจะถูกครอบงำโดยบริษัทต่างชาติซึ่งเป็นเจ้าของสิทธิบัตรจีเอ็มโอที่มีอยู่เพียงไม่กี่รายในโลก ยิ่งไปกว่านั้นต้องไม่ลืมว่าความล้มเหลวที่เกิดจากการปนเปื้อนของพืชจีเอ็มโอในอดีตจะยังคอยซ้ำเติมประเทศให้ยิ่งสูญเสียผลประโยชน์ทางด้านการค้ากับตลาดสำคัญๆ ของโลกเพิ่มขึ้นอีกด้วย" นางสาวณัฐวิภา กล่าวเพิ่มเติม

ในปี 2548 และ 2549 พบว่า "ข้าว" ผลผลิตหลักของโลกมีการปนเปื้อนจีเอ็มโอ ซึ่งยังไม่ได้รับการยอมรับและถือเป็นสิ่งผิดกฎหมายในหลายประเทศไม่รวมสหรัฐอเมริกา ข้าวจีเอ็มโอของไบเออร์ที่รู้จักกันในนาม "ลิเบอร์ตี้ ลิงค์" ปนเปื้อนในข้าวของสหรัฐอเมริกาส่งผลให้ตลาดโลกต่างพากันปฏิเสธข้าวจากสหรัฐอเมริกา โดยเฉพาะประเทศในสหภาพยุโรป ญี่ปุ่น และฟิลิปปินส์  สิ่งนี้เป็นการชี้ทางผู้ค้าข้าวชั้นนำของไทยและเวียดนาม ซึ่งเป็นประเทศผู้ส่งออกข้าวรายใหญ่เป็นอันดับ 1 และ 2 ของโลกให้แสดงจุดยืนร่วมกันด้วยการลงนามไม่ค้าข้าวจีเอ็มโอ และจะปลูกเฉพาะข้าวปลอดจีเอ็มโอเพื่อปกป้องความหลากหลายของข้าวพันธุ์ธรรมชาติ และรักษาตลาดส่งออกของทั้งสองประเทศ

"กรณีการปนเปื้อนนี้แสดงให้เห็นอย่างชัดเจนว่าพืชจีเอ็มโอเป็นสิ่งที่ไม่สามารถควบคุมได้และเป็นอันตรายต่อสิ่งแวดล้อม การปนเปื้อนจีเอ็มโอทำให้ไทยเกิดความสูญเสียทางการตลาดทางด้านผลิตผลทางการเกษตรอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ ดังที่เห็นได้จากการที่ผู้บริโภคจำนวนมากทั่วโลกปฏิเสธพืชจีเอ็มโออย่างต่อเนื่อง หากประเทศไทยต้องการรักษาความเป็นแหล่งอาหารที่สำคัญของโลกและผูกขาดความเป็นครัวของเอเชีย การเรียกร้องจากกระทรวงเกษตรฯในครั้งนี้จึงควรเป็นโมฆะ" ณัฐวิภากล่าวทิ้งท้าย

กรีนพีซรณรงค์เพื่อต่อต้านพืชจีเอ็มโอรวมทั้งผลิตภัณฑ์อาหารที่มีส่วนผสมของพืชจีเอ็มโอทั้งหมด ซึ่งเป็นกลไกสำคัญบทหลักการของความยั่งยืน เพื่อปกป้องความหลากหลายทางชีวภาพ และให้ประชาชนทุกคนเข้าถึงอาหารที่มีคุณค่าและปลอดภัย การตัดต่อพันธุกรรมเป็นเทคโนโลยีที่ล้าสมัยและไม่เป็นที่ต้องการของสังคมโลก ทำลายความหลากหลายทางชีวภาพ และสร้างความเสี่ยงให้กับผู้บริโภค