การเข้าบริหารพื้นที่ 470 ไร่ที่ใช้จัดงานมหกรรมพืชสวนโลกเฉลิมพระเกียรติราชพฤกษ์เริ่มส่อเค้ามีปัญหา อันเป็นผลจากการไม่วางแผนการเข้าดูแลระยะยาวตั้งแต่เริ่มเสนอตัวเป็นเจ้าภาพ และเมื่อเสร็จงาน นายธีระ สูตบุตร รัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ยืนยันว่า จะมีมูลนิธิฯ เข้าบริหารจัดการ ขณะที่กรมวิชาการเกษตรโดยนายอดิศักดิ์ ศรีสรรพกิจ อธิบดีฯ ก็ยืนยันความพร้อมเข้าบริหารเบื้องต้นโดยระบุว่ามีงบประมาณเข้าดูแลระยะ 1 ปีไว้แล้วราว 150 ล้านบาท โดยประกาศจะปิดปรับปรุงเพียง 2 เดือนและให้บริการประชาชนในช่วงสงกรานต์

อย่างไรก็ตาม เค้าลางของปัญหาเริ่มมีขึ้น โดยสัปดาห์ก่อนหน้า "พลเมืองเหนือ" ได้รายงานว่า กรมวิชาการเกษตรได้กำหนดหน่วยงานภายในเข้าดูแลพื้นที่ และมีมติเสนอขอใช้งบประมาณ 45 ล้านบาทจากรายได้สิทธิประโยชน์ 90 ล้านบาทมาใช้ดำเนินการจ้างเอกชนเข้าปรับปรุงพื้นที่และดูแลด้านสาธารณูปโภคพื้นฐานภายใน

ขณะที่สัปดาห์ที่ผ่านมา ก็มีความสับสนต่อการเปิดให้ชมพื้นที่งาน โดยต้นสัปดาห์ นายอดิศักดิ์ ศรีสรรพกิจ อธิบดีกรมวิชาการเกษตร ให้สัมภาษณ์ว่าจะสามารถเปิดให้ประชาชนและนักท่องเที่ยวทั่วไปได้เข้าชมพื้นที่พืชสวนโลกอีกครั้งในระหว่างวันที่ 10-17 เมษายน 2550 ซึ่งตรงกับช่วงเทศกาลสงกรานต์ของเชียงใหม่ โดยจะเป็นการเปิดให้ชมงานชั่วคราวเท่านั้น และจะไม่มีการเก็บบัตรค่าผ่านประตู โดยพื้นที่ที่จัดเตรียมไว้คือหอคำหลวง สวนองค์กร เรือนร่มไม้ สวนไทย ทั้งนี้ได้หารือร่วมกับ หอการค้าจังหวัดเชียงใหม่ ขอความร่วมมือในการร่วมจัดกิจกรรมในพื้นที่ เช่น กาดหมั้ว ขันโตก เพื่อให้เข้ากับบรรยากาศในช่วงเทศกาลสงกรานต์

ทั้งนี้ หลังจากเปิดให้เข้าชมฟรีเป็นเวลา 1 สัปดาห์ ก็จะปิดปรับปรุงพื้นที่อีกครั้ง เพื่อรอให้มีพิธีเปิดอย่างเป็นทางการในวันฉัตรมงคล 5 พฤษภาคม 2550 รวมทั้งรอการจัดตั้งมูลนิธิที่จะมาดูแลให้เรียบร้อย

แต่จากนั้นไม่นานในปลายสัปดาห์ อธิบดีกรมวิชาการเกษตร ได้ให้สัมภาษณ์อีกครั้งว่า ล่าสุดที่ประชุมกรมวิชาการเกษตรได้ข้อสรุปว่าจะชะลอการเปิดให้นักท่องเที่ยวเข้าชมออกไป โดยจะไม่เปิดให้เข้าชมในช่วงเทศกาลสงกรานต์เพราะการที่นักท่องเที่ยวเล่นสาดน้ำสงกรานต์ และเข้าไปด้านในแล้วจะควบคุมได้ยากและอาจจะเกิดความเสียหายต่อพื้นที่ อย่างไรก็ตามจะมีการจัดนิทรรศการที่ลานเนินราชพฤกษ์ โดยเป็นการแสดงภาพเมื่อครั้งจัดงานมหกรรมพืชสวนโลกฯ ภาพถ่ายในปัจจุบันภายในสวนเป็นเช่นไร และภาพของอนาคตว่าพื้นที่ดังกล่าวจะออกมาในลักษณะเช่นไร

ทั้งนี้เป็นที่วิพากษ์วิจารณ์ภายในพื้นที่ว่า การประกาศจะเปิดให้นักท่องเที่ยวชมพื้นที่ในช่วงเทศกาลสงกรานต์ต้องเลื่อนออกไป จากหลายปัจจัย ไม่ว่าจะเป็นการขอความร่วมมือกับจังหวัดหรือภาคเอกชนในการจัดกิจกรรมส่งเสริมภายในพื้นที่ แต่การดำเนินงานส่วนใหญ่ของเทศกาลสงกรานต์มีการกำหนดไว้ในเขตเมืองแล้ว ศักยภาพในการควบคุมดูแลนักท่องเที่ยวที่จะเข้าสู่พื้นที่ไม่ว่าจะเป็นระบบขนส่ง การควบคุมดูแลพื้นที่ภายใน และปัญหาการบริหารจัดการทั้งหมดยังไม่มีบุคลากรดำเนินการ