ด้วยแรงกดดันจากสาธารณชนในเดือนเมษายน พ.ศ. 2547 ได้มีการจับกุมเจ้าหน้าที่ตำรวจ 5 นาย ประกอบด้วย พ.ต.ต.เงิน ทองสุก, พ.ต.ท.สินชัย นิ่มปุญญกำพงษ์, จ.ส.ต.ชัยเวง พาด้วง, ส.ต.อ.รันดร สิทธิเขต และ พ.ต.ท.ชัดชัย เลี่ยมสงวน ตำรวจกองปราบปราม ตกเป็นจำเลยที่ 1-5 ฐานร่วมกันปล้นทรัพย์ และข่มขืนใจผู้อื่น โดยใช้กำลังประทุษร้าย แต่ไม่สามารถตั้งข้อหาฆาตกรรมหรือข้อหาอื่นที่หนักกว่าได้เนื่องจากยังไม่พบศพหรือหลักฐานที่บ่งชี้ว่าทนายสมชายตายแล้ว 

12 มกราคม พ.ศ. 2549  ศาลตัดสินจำคุก พ. ต. ต. เงิน ทองสุกในข้อหาขืนใจ ทำให้สูญเสียอิสรภาพและระบุว

่าเกิดจากการกระทำของร่วมกันกับบุคคล 3-5 คน ผู้ต้องหาซึ่งเป็นตำรวจอีก 4 นายยกฟ้อง  เนื่องจากไม่มีหลักฐานที่เพียงพอ  

แม้ว่าคำตัดสินในวันนั้นจะเป็นคำตัดสินประวัติศาสตร์ครั้งแรกของไทยที่ระบุว่าเจ้าพนักงานตำรวจมีส่วนในการอุ้มประชาชน  แต่จนบัดนี้ยังไม่ทราบว่านายสมชายยังมีชีวิตหรือไม่และยังไม่มีผู้ใดได้รับการลงโทษหรือพิจารณาคดีในกรณีที่ทำให้ทนายสมชายหายไป หรือทำให้ทนายสมชายเสียชีวิตแต่อย่างใด

"ทราบว่าเสียชีวิตแล้ว  มีพยานแวดล้อมยืนยันได้ว่ามีการตาย ... ต้องยอมรับเลยว่ามันไม่ง่าย คดีที่เกี่ยวข้องเจ้าหน้าที่รัฐ  การหาพยานหลักฐานไม่ง่าย  ขอให้ดีเอสไอสรุปสำนวนการสอบสวนก่อน ตอนนี้เราจะสรุปตรงจุดที่ว่า ทนายสมชาย เสียชีวิตแล้ว  และจะนำไปสู่การดำเนินคดีในข้อหาฆ่าคนตาย  แต่ต้องรู้ให้ชัดเจนก่อนว่าเสียชีวิตแล้ว จึงจะดำเนินการได้ ดีเอสไอ จะสรุปการสอบสวนได้ประมาณเดือนกุมภาพันธ์ ( 2549)"

 พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร, มกราคม 2549 

 "เพื่อให้สังคมได้รับรู้ถึงความสำคัญของการเรียกร้องสิทธิ และความยุติธรรมของคนที่หายไปจากบุคคลที่รัก  ครอบครัว เพื่อนฝูง และสังคม  โดยเฉพาะยิ่งยากนักถ้าการต่อสู้นี้เกิดขึ้นจากการกระทำของเจ้าหน้าที่รัฐที่มีหน้าที่โดยตรงในการปกป้องคุ้มครอง และรักษาความปลอดภัยในชีว

ิตของประชาชน     เรื่องนี้เบื้องต้นก็ต้องทำให้เรื่องนี้กระจ่าง หมายถึงไม่ได้เป็นการมุบมิบรู้กันระหว่างเรากับใคร! สักคนสองคน แต่เรื่องนี้สังคมต้องเข้ามารับรู้ …

เรื่องนี้ไม่ได้เป็นแค่เรื่องของทนายจนๆ คนหนึ่ง  แต่มันเป็นเรื่องสิทธิมนุษยชน แล้วมันไม่ได้เป็นเรื่องแค่สังคมไทย แต่ประชาคมโลกทั้งหมดให้ความสำคัญกับเรื่องนี้มาก ถ้าหากรัฐบาลมีความจริงใจ ต้องทำเรื่องนี้ให้กระจ่าง  ถ้าหากว่ารัฐบาลสามารถที่จะหาตัวคุณสมชายมา หรืออะไรก็ตามที่บ่งบอกว่าเป็นคุณสมชาย คิดว่าสิ่งนี้จะทำให้ภาพพจน์ของรัฐบาลดีขึ้นในสายตาของคนทั่วไป แสดงให้เห็นว่ารัฐบาลมีความจริงใจในการแก้ปัญหาโดยไม่เลือกปฏิบัติ ไม่ว่าจะเป็นเจ้าหน้ารัฐ หรือประชาชนธรรมดา"

นางอังคณา  นีละไพจิตร

20 มิถุนายน 2548 นางอังคณา นีละไพจิตรได้เข้าพบนายกรัฐมนตรีทักษิณ ชินวัตรและได้พูดคุยร้องขอในเรื่องการหาตัวนายสมชาย นีละไพจิตรและร้องขอความยุติธรรมโดยไม่ขอรับความช่วยเหลือใดๆ ที่ทางนายกรัฐมนตรีเสนอให้ 

23 สิงหาคม 2548 นางอังคณา นีละไพจิตร ได้ทำหนังสือร้องเรียนถึงประธานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนเรื่องการไม่ได้รับความเป็นธรรมในการดำเนินการติดตามหานายสมชาย นีละไพจิตร ตลอดระยะเวลากว่า 1 ปี     5 เดือนจากเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องทุกระดับชั้นและทุกหน่วยงาน ทางคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนจึงได้จัดตั้งอนุกรรมการการติดตามการหายตัวไปของนายสมชาย นีละไพจิตรและได้ดำเนินการสืบหาตามแหล่งข้อมูลที่ได้รับตลอดเนื่องมา  เนื่องจากข้อมูลถูกปกปิดและมีอยู่! จำกัดทำให้ความพยายามยังไม่ประสบผล

1 ธันวาคม2548นางอังคณา นีละไพจิตรก็ได้ทำหนังสือต่อรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรมและรองนายกรัฐมนตรีพล.ต.ต.ชิดชัย วรรณสถิตย์ และอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษพล.ต.ต.สมบัติ อมรวิวัฒน์เรียกร้องให้เร่งดำเนินคดีการหายตัวไปของนายสมชาย การสืบสวนขยายผลและตั้งข้อหาเพิ่มเติม เนื่องจากคดีในศาลเป็นเพียงคดีปล้นทรัพย์และขืนใจที่ไม่สามารถอำนวยความยุติธรรมได้อย่างเต็มที่ต่อการหายตัวของบุคคลโดยเฉพาะการอุ้มหายเกิดจากการกระทำของเจ้าหน้าที่รัฐ

8 ธันวาคม 2548 นางอังคณา  นีละไพจิตร ได้ยื่นหนังสือถึงจเรตำรวจแห่งชาติ ร้องทุกข์เรื่องการที่เจ้าหน้าที่ตำรวจที่เป็นจำเลยในคดีปล้นทรัพย์และขืนใจนายสมชายยังคงรับราชการและปฎิบัติหน้าที่ขณะที่กำลังดำเนินคดีและบางส่วนกำลังจะขอกลับเข้ารับราชการหลังศาลพิจารณาคดีเสร็จสิ้น   ซึ่งตามปกติข้าราชการที่ถูกกล่าวหาในคดีอาญาจะต้องถูกให้ออกราชการไว้ก่อน  โดยขอให้มีการดำเนินการสอบวินัย  แต่ปัจจุบันก็ไม่ได้รับทราบผลการดำเนินการแต่อย่างไร

16 กุมภาพันธ์ 2549 นางอังคณา  นีละไพจิตรได้ทำหนังสือถึงอัยการการคดีพิเศษและอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษชี้แจงรายละเอียดเกี่ยวกับข้อมูลและข้อสังเกตในพยานหลักฐานในการดำเนินคดีการหายตัวไปของนายสมชาย เพื่อให้ทางอัยการสูงสุดและกรมสอบสวนคดีพิเศษพิจารณาพยานหลักฐานอย่างรอบครอบและขยายผลการสืบสวนอย่างจริงจัง

22 มีนาคม 2549 นางอังคณา  นีละไพจิตรได้ยื่นหนังสือต่อผู้ตรวจการแผ่นดินของรัฐสภาขอความเป็นธรรมและขอให้ดำเนินการคดีปกครองแทนผู้ได้รับความเดือดร้อนเสียหาย กรณีที่นางอังคณา  นีละไพจิตร เป็นผู้เสียหายจากการหายไปของนาย

สมชาย นีละไพจิตร และไม่ได้รับความเป็นธรรมจากการกระทำของเจ้าหน้าที่ตำรวจดังที่ศาลตัดสินลงโทษพ.ต.ต เงิน ทองสุกว่าได้ข่มขืนใจนายสมชายในวันที่หายตัวไป 

มีนาคม 2549 ได้มีความพยายามของกรมสอบสวนคดีพิเศษในการค้นหาหลักฐานในแม่น้ำแม่กลอง อ.บ้านโป่ง จังหวัดราชบุรี โดยมีการงมค้นหาวัตถุพยานที่เป็นถังน้ำมันที่เชื่อว่ามีการนำมาทิ้งหลังจากการเผาทำลายศพ  ซึ่งเป็นการขยายผลการสืบสวนและพบข้อมูลเพียงว่ามีกลุ่มบุคคลได้นำทนายสมชายไปในเขตจังหวัดราชบุรี   อย่างไรก็ดีพบว่าข้อมูลที่ได้เป็นเพียงคำบอกเล่าซึ่งไม่ความน่าเชื่อถือ กรมสอบสวนคดีพิเศษจึงคว้าน้ำเหลว แต่พบว่ากรมสอบสวนคดีพิเศษมิได้สอบสวนขยายผลเพิ่มเติมจากเจ้าพนักงานตำรวจคดีปล้นทรัพย์นายสมชาย 

9 พฤษภาคม 2549 นางอังคณาได้ยื่นหนังสือต่อปลัดกระทรวงยุติธรรมเรื่องขอเปลี่ยนตัวหัวหน้าพล.ต.อ.สมบัติ อมรวิวัฒน์ พนักงานสอบสวนในคดีการหายตัวไปของนายสมชาย นีละไพจิตร ซึ่งดำรงตำแหน่งเป็นอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษด้วยนั้น ด้วยเหตุผลที่ว่ามีลักษณะการทำงานที่ปกปิดและให้ความช่วยเหลือแก่ผู้ต้องหาและจำเลยคดีปล้นทรัพย์นายสมชาย ทำให้ไม่สามารถดำเนินการสืบสวนสอบสวนอย่างเป็นธรรม  ซึ่งขณะนี้ก็ยังไม่ได้รับทราบความคืบหน้าของหนังสือร้องเรียนและการสืบสวนสอบสวนการหายตัวไปของนายสมชายก็ยังคงล่าช้าและไม่ได้เปิดเผยต่อสาธารณะชน สร้างความเสียหายและทุกข์ทรมานต่อค! รอบครัวนายสมชายเป็นอย่างมาก

รายงานการสังเกตุการณ์ทางคดีของคณะทำงานปกป้องนักต่อสู้เพื่อสิทธิมนุษยชนของไทยและองค์กรสิทธิมนุษยชนระหว่างประเทศเคยเขียนรายงานไปในทิศทางเดียวกันว่า   การดำเนินคดีการหายไปของทนายความสิทธิมนุษยชนสมชาย  นีละไพจิตร มีข้อบกพร่องอย่างมากมาย  และตำรวจไม่ควรได้รับความเชื่อถือให้สืบสวนเอาผิดพวกเดียวกัน" ในรายงานของฮิวแมนไรท์เฟริสต์ ระบุว่า "สมชายทำงานเพื่อปกป้องคุ้มครองความยุติธรรมและนิติรัฐของไทยในกรณีปัญหาทางภาคใต้! มาเป็นเวลากว่า 20 ปี และตอนนี้ครอบครัวของสมชายกลับไม่สามารถได้รับความยุติธรรม"   อีกทั้งในรายงานของ The Observatory  (FIDH/OMCT) ระบุว่ามีการตั้งข้อหาของคดีนี้ไม่สมเหตุผลและไม่ได้สมกับอาชญกรรมที่เกิดขึ้นกับนายสมชายและเสนอด้วยว่าประเทศไทยควรที่จะมีบทบัญญัติทางกฎหมายใหม่ที่สามารถลงโทษทางอาญาในกรณีคนหาย หรือล่าสุดเมื่อเดือนเมษายน พ.ศ. 2549 สมาชิกสภาสหภาพยุโรปจากประเทศอังกฤษและประเทศเยอรมัน ได้ตั้งกระทู้ถามใน สหภาพยุโรปและกรรมาธิการยุโรปต่อกรณีการล้มเหลวของคำสัญญาของของรัฐบาลไทยในการตามหาตัวทนายสมชาย 

ในขณะนี้คดีการสืบสวนสอบสวนการหายไปของนายสมชาย นีละไพจิตร  ยังคงอยู่ในความดูแลของกรมสอบสวนคดีพิเศษ ซึ่งก็มีแต่เจ้าหน้าที่ตำรวจ และยังไม่สามารถสร้างความเชื่อมั่นให้แก่ครอบครัวนายสมชาย นีละไพจิตรและสังคมไทยว่า จะสามารถนำความจริงเรื่องนี้มาปรากฎได้อย่างไร     หากรัฐบาลยังคงอนุรักษ์ไว้ซึ่งวัฒนธรรมอุ้มคนผิด  ปล่อยให้ผู้กระทำผิดที่เป็นเจ้าหน้าที่ของรัฐลอยนวลต่อไป  โดยไม่คำนึงถึงผลเสียหายต่อระบบนิติรัฐของประเทศชาติอย่างปราศจากความรับผิดชอบแล้ว  มีหรือที่ระบอบอำนาจนิยมแบบเก่าจะหมดสิ้นไป มีหรือที่สังคมไทยจะปลอดภัยและผาสุกปราศจากความกลัว  เนื่องเพราะผู้มีอิทธิพลและรัฐบาลกลายเป็นบุคคลที่เป็นเนื้อเดียวกันอย่างแยกไม่ออก..

หลังรัฐประหาร 19 กันยายน 2549  พล.อ.สนธิ บุญยรัตกลิน ประธานคณะมนตรีความมั่นคงแห่งชาติ ออกมาเปิดเผยว่า  มีรัฐมนตรีในรัฐบาล พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร เปิดปากว่านายสมชาย หายตัวไปโดยฝีมือของคนใกล้ชิดพ.ต.ท.ทักษิณ ที่อยู่ในท! ำเนียบรัฐบาล

12 มีนาคม 2550 ครบรอบ 3 ปี แห่งการอุ้มหายกลางเมืองหลวง..