เมื่อวันที่ 21 กันยายน 2548 นายจาตุรนต์ ฉายแสง รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ แถลงภายหลังประชุมภารกิจในการดูแลโรงเรียนตาดีกาใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ กับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง และผู้นำศาสนาว่า ที่ประชุมเห็นชอบให้โอนความรับผิดชอบการส่งเสริมโรงเรียนตาดีกา จากกระทรวงมหาดไทยมาอยู่กับกระทรวงศึกษาธิการ เฉพาะใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ ส่วนจังหวัดอื่นยังไม่พิจารณา

นายจาตุรนต์ กล่าวว่า การโอนดังกล่าว เป็นไปตามมาตรา 25 พระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ ซึ่งกระทรวงศึกษาธิการจะดูแลโรงเรียนตาดีกา ในฐานะสถาบันสอนศาสนาจัดการศึกษาโดยชุมชน ไม่ใช่การจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน โดยจะเรียกสถานศึกษานี้ว่า ศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิดหรือตาดีกา โดยจะโอนภารกิจตาดีกามาอยู่ที่กระทรวงศึกษาธิการ ตั้งแต่ปีงบประมาณ 2549

นายจาตุรนต์ กล่าวต่อไปว่า สำหรับการส่งเสริมอุดหนุนจะใช้เกณฑ์และหลักสูตรเดิม คือ การสอนศาสนาและภาษา ที่จะทำให้เข้าใจศาสนาอิสลาม การพัฒนาหลักสูตรในอนาคต จะเป็นความร่วมมือของส่วนราชการ กระทรวงศึกษาธิการ และผู้นำศาสนาที่รับผิดชอบตาดีกา โดยมีหลักการถูกต้องตามหลักศาสนาอิสลาม ตรงกับความต้องของประชาชน สอดคล้องกับประเพณี วัฒนธรรม ความเชื่อและหลักศาสนาของประชาชนในท้องถิ่นเป็นสำคัญ

"ข้อดีของการโอนการส่งเสริมตาดีกามาอยู่กับกระทรวงศึกษาธิการ ก็คือ จะทำให้เกิดความเชื่อมโยงการสอนศาสนากับระดับอื่น เช่น ปอเนาะ โรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม จะได้เทียบโอนได้ ทำให้ประหยัดเวลาเรียนลง" นายจาตุรนต์ กล่าว

สำหรับโรงเรียนตาดีกา ใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ มีประมาณ 1,700 แห่ง ที่นราธิวาส 592 แห่ง ยะลากว่า 400 แห่ง และปัตตานีกว่า 600 แห่ง ใช้งบประมาณปี 2549 จำนวน 155 ล้านบาท หลังจากนี้ จะนำข้อสรุปเสนอคณะกรรมการกลั่นกรองเรื่องเสนอคณะรัฐมนตรี คณะที่ 4 เพื่อขอความเห็นชอบจากคณะรัฐมนตรีต่อไป