เมื่อเวลา 08.00 น. วันที่ 21 พฤษภาคม พ.ศ. 2548 พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร นายกรัฐมนตรี กล่าวถึงการแก้ปัญหาความไม่สงบในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ในรายการ "นายกฯทักษิณคุยกับ
ประชาชน" ทางสถานีวิทยุกระจายเสียงแห่งประเทศไทยว่า ดูเหมือนว่า ขณะนี้ฝ่ายก่อความไม่สงบใช้ความจะรุนแรงมากขึ้น วางระเบิด เผาโรงเรียน ข่มขู่ ดูลึกๆ พวกนี้ก็ไม่มีทางถอย เพราะว่าเราจับกุมมากขึ้น เราไล่จี้จับเป็นจุดๆ มากขึ้นทุกวัน พวกนี้ก็ไม่มีทางถอย ก็พยายามแสดงให้ เห็นว่ามีฤทธิ์อยู่ เราก็ต้องรุกต่อไป

"เราต้องยอมรับเจ้าหน้าที่เรา บางทีทำงานมันเหนื่อย มันหนัก มันเครียด และล้า เราก็ต้องหมุน เวียนกำลังนะครับ ไม่ใช่ไปลงโทษอะไร ก็เอาคนที่อาสา และสดก็เอาเข้าไปช่วยกันบ้าง และต่อไปก็จะมีการเริ่มปรับกำลังกันบ้าง ทั้งด้านทหาร ตำรวจ ฝ่ายปกครอง ส่วนกระบวนการบริหารก็ต้องปรับ เพื่อให้ขบวนการมันสั้นลงเพื่อให้การทำงานมันคล่องตัวขึ้น"

พ.ต.ท.ทักษิณ กล่าวต่อว่า ขณะนี้มีการจับกุมอย่างต่อเนื่อง จะเฝ้าจับกุมรายใหญ่ๆ อีกต่อไป เมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม พ.ศ. 2548 ที่ผ่านมาเจ้าหน้าที่ได้ไปค้นโรงเรียนญิฮาดวิทยา หรือปอเนาะญิฮาด ปรากฏว่าโรงเรียนนี้เป็นกลายโรงเรียนที่มีทั้งอาวุธ กระสุน มีร่องรอยการฝึกซ้อม มีเอกสารรัฐปัตตานี มีแม้กระทั่งซีดีฝึกอาวุธอัลเคด้า มาเป็นแนวทางฝึก ให้ตัวเอง มีธงมีอะไรต่ออะไรมากมาย คือสรุปแล้วคือให้รู้ว่า กระบวนแบ่งแยกดินแดนนี้เป็นกระบวนการสำคัญที่ยังอยู่ในพื้นที่ ถึงแม้ว่าเขาจะไม่มีทางแยกดินแดนได้ก็ตาม แต่ว่าความวุ่นวาย ความปั่นป่วน การสร้างปัญหายังมีอยู่ก็ต้องดำเนินการแก้ปัญหาต่อไป เพียงแต่ขอให้คนที่ไม่เข้าใจเข้าใจภาครัฐ เพราะพยายามทำทุกอย่าง เพื่อรักษาอธิปไตยแห่งดินแดน และรักษาชีวิต ทรัพย์สิน รักษาความสงบให้ท่าน ขณะเดียว
กันภาครัฐไม่เคยไปลิดรอนสิทธิในการทำกิจกรรมทางศาสนาเลย

"แน่นอนครับ ผมจะคอยถามผู้นำทางศาสนา ผู้นำของประเทศต่างๆที่คนส่วนใหญ่เป็นมุสลิม เพื่อจะรู้ว่าเขาดูแลคนของเขาอย่างไร อะไรที่เขาไม่ให้ทำ แต่เรากลับปล่อยให้ทำ คือ เราต้องไม่ใช่มุสลิมมากกว่ามุสลิมซะเองนะครับ บางอย่างที่ควรมีกติกาแล้วไม่มีกติกา คือบทที่เราจะเป็น มุสลิมเราก็เป็นมุสลิมมากกว่ามุสลิม บทที่เราจะไม่เข้าใจเขาเราก็ไม่เข้าใจ มันไม่ได้เราต้องเอาให้ถูกต้อง" พ.ต.ท.ทักษิณ กล่าวและว่า

"การเดินทางไปจอร์แดน และได้ศึกษาแลรู้ว่า มุสลิมที่แท้จริงคืออย่างไร ศาสนาอิสลามที่ถูกต้องคืออะไร เพื่อให้ชาวโลกเข้าใจพี่น้องชาวมุสลิมได้อย่างชัดเจน คือขอให้พี่น้องมุสลิมเข้าใจนะครับว่า ผมพยายามศึกษาเข้าใจคัมภีร์อัลกุระอ่าน เพราะต้องการอยู่ร่วมกันกับทุกศาสนาด้วยความเข้าใจนะครับ ผมศึกษาอยู่อย่างเต็มที่พี่น้องชาวมุสลิมไม่ต้องห่วงนะครับ แต่ไอ้คนที่มันเกินเลยเอาศาสนามาเป็นข้ออ้างเพื่อประโยชน์ตัวเอง เบียดเบียนทำร้ายคนอื่นผมไม่ยอมแน่นะครับ เมื่อเข้าใจแล้วก็จะเดินหน้าจับกุม พวกก่อความวุ่นวาย ปั่นป่วน เพราะว่าหลักของประเทศ "ชาติ" มาก่อนผมจะดูแลเรื่องนี้อย่างดีและเข้าใจนะครับ โรงเรียนนี้ได้สั่งให้ปิดแล้ว แล้วพาเด็กไปเรียนที่โรงเรียนแห่งใหม่ และเจ้าของโรงเรียนก็ออกหมายจับต่อไป" พ.ต.ท.ทักษิณ กล่าว