ความพยายามผลักดัน มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี หรือ มอ.ปัตตานี ให้ยกฐานะเป็นเอกเทศจาก มอ. หาดใหญ่ ที่ปรากฏโดยผ่านคณะกรรมการสมานฉันท์ขณะนี้ อันที่จริงเป็นแนวคิดที่มีมานานกว่า 7 ปี ตั้งแต่ยุครัฐบาลพลเอกชวลิต ยงใจยุทธ เพื่อให้สามารถบริหารจัดการ พัฒนาการเรียนการสอนได้อย่างเป็นอิสระ และมีส่วนร่วมแก้ปัญหาในท้องถิ่นอย่างเต็มที่

แต่ก็มีอันเงียบหายไป แล้วมาเริ่มต้นอีกครั้งในปี 2545 โดยนักการเมืองและนักธุรกิจท้องถิ่น ร่วมกับบุคลากรของมอ.ปัตตานีบางส่วน

กระทั่งล่าสุดในปี 2547 สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) แจ้งมายังวิทยาเขตปัตตานีว่าคณะรัฐ
มนตรีมีมติเห็นชอบในหลักการตามแผนงาน/โครงการเร่งด่วนตามยุทธศาสตร์การพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ในปีงบประมาณ 2547 และ 2548 โดยมีโครงการยกฐานะวิทยาเขตปัตตานีเป็นมหาวิทยาลัยเต็มรูป และโครง
การยกระดับวิทยาลัยอิสลามศึกษาเป็นนานาชาติรวมอยู่ด้วย

ขณะเดียวกันในเดือนตุลาคม 2547 สกอ.ก็ได้ยก " (ร่าง) พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยปัตตานี พ.ศ....." และส่งมอบให้ประชาคม มอ.ปัตตานีร่วมกันแสดงความคิดเห็นในประเด็นต่างๆ ซึ่งอาจนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงเนื้อหาสาระในบางประเด็น

ทั้งนี้ ปัจจุบันมอ.ปัตตานีมีสถานะเป็นหน่วยงาน (วิทยาเขต) หนึ่งของมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ และไม่ได้มีสถานะเป็นนิติบุคคลหรือหน่วยงบประมาณ ดังนั้น ม.อ.ปัตตานีในขณะนี้ จึงไม่ใช่มหาวิทยาลัยเอกเทศ ซึ่งจะมีกลไกการบริหารจัดการอย่างเป็นอิสระ อีกทั้งยังไม่ถือเป็นมหาวิทยาลัยเต็มรูปที่มีการเรียนการสอนครบถ้วนทุกสาขา เนื่องจากเปิดสอนเฉพาะบางสาขาเท่านั้น

ดังนั้น การยากฐานะของมอ.ปัตตานี จึงเป็นเปลี่ยนโฉมมหาวิทยาลัยแห่งนี้มากพอสมควร แต่เรื่องสำคัญที่ระบุไว้ร่างพ.ร.บ.ของ สกอ. อีกประการคือ การออกนอกระบบ เพราะกำหนดให้มีการ "ยกฐานะของมอ.ปัตตานีเป็นมหาวิทยาลัย มีฐานะเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐที่ไม่เป็นส่วนราชการแต่อยู่ในกำกับของรัฐและเป็นนิติบุคคล"

อย่างไรก็ตาม ทั้งการออกนอกระบบและการยกฐานะของมอ.ปัตตานียังเป็นเรื่องที่ไม่ชัดเจนนักในความรับรู้ของประชาคม ซึ่งกำลังถกเถียงในประเด็นการยกฐานะของมอ.ปัตตานี อยู่ในขณะนี้

จากการสำรวจความคิดเห็นที่ทางมหาวิทยาลัยจัดทำเป็นครั้งแรกเมื่อวันที่ 3-10 ม.ค.48 นั้นมีจำนวนผู้ตอบแบบ
สอบถามทั้งนักศึกษา คณาจารย์และบุคลากรมหาวิทยาลัยจำนวน 439 คน พบว่า ร้อยละ 92 ทราบข่าวเรื่องดังกล่าว ร้อยละ 81.2 ไม่เคยอ่านร่างพ.ร.บ.ดังกล่าว และโดยภาพรวมผู้ตอบแบบสอบถามมีทัศนคติต่อการยกฐานะของมอ.ปัตตานี ในระดับปานกลาง เนื่องจากยังขาดข้อมูลและความเข้าใจ (ดูรายละเอียดเพิ่มเติมจากhttp://www1.pn.psu.ac.th)

ผศ.ดร.วัฒนา สุกัลศีล จากภาควิชาสังคมศาสตร์ คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์แสดงความคิดเห็นในการรับฟังความเห็นประชาคมเมื่อวันที่ 21 ก.พ.48 ว่า ผู้รับผิดชอบจะต้องตอบให้ชัดเจนระหว่างการแยกเป็นเอกเทศและการออกนอกระบบ ซึ่งขณะนี้ยังเป็นประเด็นที่สร้างความสับสนอยู่มาก ส่วนร่างพ.ร.บ.ก็ควรมีผู้เชี่ยวชาญมาชี้แจงหรือให้ความชัดเจนว่ามีประเด็นอะไรที่ควรให้ความสำคัญ

ขณะที่ผศ.ปิยะ กิจถาวร นักวิชาการรัฐศาสตร์ จากคณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ แสดงความห่วงใยเกี่ยวกับการไม่ให้ความสำคัญกับกระบวนการมีส่วนร่วมของท้องถิ่นในสภามหาวิทยาลัย

อย่างไรก็ตาม แม้กระแสความรับรู้และความเข้าใจของผู้คนในมอ.ปัตตานีหากเปรียบเทียบกับปรอท เส้นสีแดงจะอยู่ในระดับ "ต่ำ" กว่า 50 องศา ดังที่บทบรรณาธิการของสารเล่าข่าวชาวมอ. ฉบับวันที่ 1 มี.ค.48 ระบุไว้ แต่รองอธิการบดีวิทยาเขตปัตตานี รศ.ผดุงยศ ดวงมาลา ยืนยันชัดเจนว่าไม่ว่าจะอย่างไรก็จะดำเนินการตามความต้องการของประชาคม

ทั้งนี้ ตามแผนการยกฐานะของมหาวิทยาลัย พบว่ากรอบการดำเนินการสำรวจความคิดเห็นของประชาคมนั้นกำหนดไว้ 3 ครั้ง ระหว่างเดือน ม.ค.-มี.ค.48 และมีการตั้งคณะทำงานเพื่อศึกษาและเตรียมความพร้อมด้านต่างๆ 11 ชุด ในเดือนพ.ย.2547

จึงเป็นที่น่าจับตามองว่าเพียงชั่วระยะเวลาเท่านี้ ประชาคมมอ.ปัตตานีจะมีความเข้าใจและได้แสดงความคิดเห็นต่อร่างพ.ร.บ.ดังกล่าวอย่างรอบคอบครบถ้วนเพียงใด

ที่สำคัญ ขณะนี้ร่างพ.ร.บ.ดังกล่าวอยู่ระหว่างการพิจารณาของคณะกรรมการกลั่นกรองชุดที่ 4 ที่มีนายจาตุรนต์ ฉายแสง รองนายกรัฐมนตรี เป็นประธานเรียบร้อยแล้ว

อนึ่ง มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี ก่อตั้งเมื่อพ.ศ.2509 ที่ต.รูสมิแล อ.เมือง จ.ปัตตานี ระยะแรกใช้ชื่อว่า "มหาวิทยาลัยภาคใต้" (UNIVERSITY OF SOUTHERN THAILAND) ต่อมา ปี พ.ศ. 2510 จึงได้รับพระราชทานชื่อว่า "มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์" กำหนดเป้าหมาย เพื่อการพัฒนาภาคใต้ ตามแผนพัฒนาการศึกษา อันเป็นพื้นฐานในการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคม เพื่อการอยู่ร่วมกันอย่างสันติสุข และเสมอภาคของประชาชน และเพื่อเป็นแหล่ง บริการ วิชาการชุมชน ทั้งในชนบทและในเมือง

ปัจจุบันมีนักศึกษาทั้งสิ้น 6,569 คน เปิดสอนคณะศึกษาศาสตร์ มนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ ศิลปกรรมศาสตร์ วิทยาการสื่อสาร และวิทยาลัยอิสลามศึกษา โดยมีเป้าหมายในการเป็นสถาบันอุดมศึกษาระดับท้องถิ่น ระดับชาติ และนานาชาติภายในปี 2555